How to use meta package in R software to conduct meta-analysis of single nucleotide polymorphism research_Chinese Journal of Evidence-Based Medicine

Authors：

LI Binghui ^1,2 , WANG Chaoyang ¹ , WENG Hong ² , ZHENG Zhongli ¹ ,  REN Xuequn ¹ ,  ZENG Xiantao ²

1. Department of General Surgery, Huaihe Hospital of Henan University; Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Huaihe Hospital of Henan University; Center for Evidence-Based Medicine and Clinical Research, Henan University, Kaifeng, 475000, P.R.China;
2. Center for Evidence-Based and Transitional Medicine, Zhongnan Hospital of Wuhan University; Center for Evidence-Based and Transitional Medicine, Wuhan University; Department of Evidence-Based Medicine and Clinical Epidemiology, The Second Clinical Medical College of Wuhan University, Wuhan, 430071, P.R.China;

Corresponding author：

REN Xuequn, Email: renxuequn001@163.com; ZENG Xiantao, Email: zengxiantao1128@163.com

Keywords：

R software; Meta package; Genetic association study; Single nucleotide polymorphism; Meta-analysis

DOI：

10.7507/1672-2531.201704062

Video：

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Abstract Full text Figures/Tables Video References Cited by

The association between single nucleotide polymorphism and disease is a typical representation of genetic association studies. Compared with the traditional dichotomous data, single nucleotide polymorphism data has its own characteristics, and 5 genetic models are commonly performed in meta-analysis. In this paper, we show how to use the " meta” package in R software to conduct meta-analysis of single nucleotide polymorphism research through examples.

Citation： LI Binghui, WANG Chaoyang, WENG Hong, ZHENG Zhongli, REN Xuequn, ZENG Xiantao. How to use meta package in R software to conduct meta-analysis of single nucleotide polymorphism research. Chinese Journal of Evidence-Based Medicine, 2017, 17(12): 1471-1477. doi: 10.7507/1672-2531.201704062 Copy

1.	翁鸿, 李妙竹, 耿培亮, 等. 遗传关联性研究及其 Meta 分析的简介. 中国循证心血管医学杂志, 2016, 8(10): 1156-1158.
2.	罗杰, 冷卫东. 系统评价/Meta 分析理论与实践. 北京: 军事医学科学出版社, 2013: 225-247.
3.	蒋文瀚, 陈炳为, 郑建光, 等. R 语言 meta 包在 Meta 分析中的应用. 循证医学, 2011, 11(5): 305-309.
4.	Zeng XT, Liu DY, Kwong, et al. Meta-analysis of association between Interleukin-1β C-511T polymorphism and chronic periodontitis susceptibility. J Periodontol, 2015, 86(6): 812-819.
5.	曾宪涛, 张超. R 与 Meta 分析. 北京: 军事医学科学出版社, 2015: 27-31.
6.	Sterne JA, Sutton AJ, Ioannidis JP, et al. Recommendations for examining and interpreting funnel plot asymmetry in meta-analyses of randomised controlled trials. BMJ, 2011, 343: d4002.
7.	魏雪梅, 胡定伟, 敬媛媛, 等. 应用 R 软件 metafor 程序包实现轮廓增强漏斗图. 中国循证心血管医学杂志, 2015, 7(3): 289-292.
8.	原瑞霞, 张超, 罗乐, 等. 应用 R 软件 rmeta 程序包实现 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(6): 735-740.
9.	徐畅, 曾宪涛, 张超, 等. 应用 R 软件 dosresmeta 程序包和 mvmeta 程序包实现剂量-反应关系 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(4): 479-483.
10.	魏雪梅, 张永刚, 陶华, 等. 应用 R 软件 meta 程序包与 metafor 程序包实现相关系数数据的 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(7): 855-860.
11.	李胜, 张超, 杜亮, 等. 应用 R 软件 pcnetmeta 程序包实现网状 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(2): 230-235.
12.	李胜, 张超, 华先平, 等. 应用 R 实现诊断准确性试验贝叶斯 Meta 分析. 中国循证心血管医学杂志, 2015, 7(1): 13-16.
13.	魏雪梅, 李妙竹, 靳英辉, 等. 应用 R 软件 metacor 程序包实现相关系数的 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(8): 980-983.
14.	张超, 牛玉明, 曾宪涛. R 软件 nlme 程序包在网状 Meta 分析中的应用. 中国循证医学杂志, 2014, 14(3): 355-360.
15.	董圣杰, 曾宪涛, 郭毅. R 软件 Metafor 程序包在 Meta 分析中的应用. 中国循证医学杂志, 2012, 12(9): 1141-1147.

1. 翁鸿, 李妙竹, 耿培亮, 等. 遗传关联性研究及其 Meta 分析的简介. 中国循证心血管医学杂志, 2016, 8(10): 1156-1158.
2. 罗杰, 冷卫东. 系统评价/Meta 分析理论与实践. 北京: 军事医学科学出版社, 2013: 225-247.
3. 蒋文瀚, 陈炳为, 郑建光, 等. R 语言 meta 包在 Meta 分析中的应用. 循证医学, 2011, 11(5): 305-309.
4. Zeng XT, Liu DY, Kwong, et al. Meta-analysis of association between Interleukin-1β C-511T polymorphism and chronic periodontitis susceptibility. J Periodontol, 2015, 86(6): 812-819.
5. 曾宪涛, 张超. R 与 Meta 分析. 北京: 军事医学科学出版社, 2015: 27-31.
6. Sterne JA, Sutton AJ, Ioannidis JP, et al. Recommendations for examining and interpreting funnel plot asymmetry in meta-analyses of randomised controlled trials. BMJ, 2011, 343: d4002.
7. 魏雪梅, 胡定伟, 敬媛媛, 等. 应用 R 软件 metafor 程序包实现轮廓增强漏斗图. 中国循证心血管医学杂志, 2015, 7(3): 289-292.
8. 原瑞霞, 张超, 罗乐, 等. 应用 R 软件 rmeta 程序包实现 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(6): 735-740.
9. 徐畅, 曾宪涛, 张超, 等. 应用 R 软件 dosresmeta 程序包和 mvmeta 程序包实现剂量-反应关系 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(4): 479-483.
10. 魏雪梅, 张永刚, 陶华, 等. 应用 R 软件 meta 程序包与 metafor 程序包实现相关系数数据的 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(7): 855-860.
11. 李胜, 张超, 杜亮, 等. 应用 R 软件 pcnetmeta 程序包实现网状 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(2): 230-235.
12. 李胜, 张超, 华先平, 等. 应用 R 实现诊断准确性试验贝叶斯 Meta 分析. 中国循证心血管医学杂志, 2015, 7(1): 13-16.
13. 魏雪梅, 李妙竹, 靳英辉, 等. 应用 R 软件 metacor 程序包实现相关系数的 Meta 分析. 中国循证医学杂志, 2015, 15(8): 980-983.
14. 张超, 牛玉明, 曾宪涛. R 软件 nlme 程序包在网状 Meta 分析中的应用. 中国循证医学杂志, 2014, 14(3): 355-360.
15. 董圣杰, 曾宪涛, 郭毅. R 软件 Metafor 程序包在 Meta 分析中的应用. 中国循证医学杂志, 2012, 12(9): 1141-1147.

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